ChromeのWebアプリはツールバーに表示されませんが、拡張機能の「App Launcher」を使えば拡張機能と同じようにツールバーからアプリを起動することができます。アプリは新規タブを開いても起動できますが、すぐにアプリを起動できるのでとても便利です。

ChromeのWebアプリは新規タブを開いて起動、
検索バーでアプリ名を入力して起動、
ショートカットを作成して起動するという方法があります。
あとはChromeウェブストアの「マイアプリケーション」から起動するという方法もあります。

んがしかし、拡張機能と同じようにツールバーから起動するのが一番楽です。
標準ではアプリをツールバーから起動する機能はないため、
拡張機能（エクステンション）の「App Launcher」を使います。
こんな感じでツールバーに追加されます。

拡張機能と並べてアイコンから起動できるのでとても便利(・∀・)！
「App Launcher」にオプションはないのでアプリの並べ替えはできませんが、
シンプルにアプリをツールバーから起動するだけの拡張機能なので充分です。